Import Oort Gnus v0.09.
[elisp/gnus.git-] / lisp / gnus-agent.el
index aecd9f7..bfcfa28 100644 (file)
   :group 'gnus-agent
   :type 'hook)
 
-(defcustom gnus-agent-fetched-hook nil
-  "Hook run after finishing fetching articles."
-  :group 'gnus-agent
-  :type 'hook)
-
 (defcustom gnus-agent-handle-level gnus-level-subscribed
   "Groups on levels higher than this variable will be ignored by the Agent."
   :group 'gnus-agent
@@ -140,11 +135,34 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
   :type '(repeat (symbol :tag "Mark"))
   :group 'gnus-agent)
 
+(defcustom gnus-agent-consider-all-articles nil
+  "If non-nil, consider also the read articles for downloading."
+  :version "21.4"
+  :type 'boolean
+  :group 'gnus-agent)
+
+(defcustom gnus-agent-max-fetch-size 10000000 ;; 10 Mb
+  "gnus-agent-fetch-session is required to split its article fetches into chunks smaller than this limit."
+  :group 'gnus-agent
+  :type 'integer)
+
 ;;; Internal variables
 
 (defvar gnus-agent-history-buffers nil)
 (defvar gnus-agent-buffer-alist nil)
-(defvar gnus-agent-article-alist nil)
+(defvar gnus-agent-article-alist nil
+"An assoc list identifying the articles whose headers have been fetched.  
+ If successfully fetched, these headers will be stored in the group's overview file.
+ The key of each assoc pair is the article ID.
+ The value of each assoc pair is a flag indicating 
+ whether the identified article has been downloaded (gnus-agent-fetch-articles
+ sets the value to the day of the download).
+ NOTES:
+ 1) The last element of this list can not be expired as some 
+    routines (for example, get-agent-fetch-headers) use the last
+    value to track which articles have had their headers retrieved.
+ 2) The gnus-agent-regenerate may destructively modify the value.
+")
 (defvar gnus-agent-group-alist nil)
 (defvar gnus-category-alist nil)
 (defvar gnus-agent-current-history nil)
@@ -156,6 +174,12 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
 (defvar gnus-agent-send-mail-function nil)
 (defvar gnus-agent-file-coding-system 'raw-text)
 (defvar gnus-agent-file-loading-cache nil)
+(defvar gnus-agent-file-header-cache nil)
+
+(defvar gnus-agent-auto-agentize-methods '(nntp nnimap)
+  "Initially, all servers from these methods are agentized.
+The user may remove or add servers using the Server buffer.  See Info
+node `(gnus)Server Buffer'.")
 
 ;; Dynamic variables
 (defvar gnus-headers)
@@ -186,8 +210,7 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
 (gnus-add-shutdown 'gnus-close-agent 'gnus)
 
 (defun gnus-close-agent ()
-  (setq gnus-agent-covered-methods nil
-       gnus-category-predicate-cache nil
+  (setq gnus-category-predicate-cache nil
        gnus-category-group-cache nil
        gnus-agent-spam-hashtb nil)
   (gnus-kill-buffer gnus-agent-overview-buffer))
@@ -225,14 +248,10 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
 
 (defun gnus-agent-start-fetch ()
   "Initialize data structures for efficient fetching."
-  (gnus-agent-open-history)
-  (setq gnus-agent-current-history (gnus-agent-history-buffer))
   (gnus-agent-create-buffer))
 
 (defun gnus-agent-stop-fetch ()
   "Save all data structures and clean up."
-  (gnus-agent-save-history)
-  (gnus-agent-close-history)
   (setq gnus-agent-spam-hashtb nil)
   (save-excursion
     (set-buffer nntp-server-buffer)
@@ -249,6 +268,9 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
 (put 'gnus-agent-with-fetch 'lisp-indent-function 0)
 (put 'gnus-agent-with-fetch 'edebug-form-spec '(body))
 
+(defmacro gnus-agent-append-to-list (tail value)
+  `(setq ,tail (setcdr ,tail (cons ,value nil))))
+
 ;;;
 ;;; Mode infestation
 ;;;
@@ -311,6 +333,7 @@ If this is `ask' the hook will query the user."
 (gnus-define-keys gnus-agent-summary-mode-map
   "Jj" gnus-agent-toggle-plugged
   "Ju" gnus-agent-summary-fetch-group
+  "Js" gnus-agent-summary-fetch-series
   "J#" gnus-agent-mark-article
   "J\M-#" gnus-agent-unmark-article
   "@" gnus-agent-toggle-mark
@@ -419,7 +442,14 @@ minor mode in all Gnus buffers."
                                         message-send-mail-function)
          message-send-mail-real-function 'gnus-agent-send-mail))
   (unless gnus-agent-covered-methods
-    (setq gnus-agent-covered-methods (list gnus-select-method))))
+    (mapcar
+     (lambda (server)
+       (if (memq (car (gnus-server-to-method server)) 
+                gnus-agent-auto-agentize-methods)
+          (setq gnus-agent-covered-methods 
+                (cons (gnus-server-to-method server)
+                      gnus-agent-covered-methods ))))
+     (append (list gnus-select-method) gnus-secondary-select-methods))))
 
 (defun gnus-agent-queue-setup ()
   "Make sure the queue group exists."
@@ -476,6 +506,7 @@ be a select method."
              methods (cdr methods)))
       covered)))
 
+;;;###autoload
 (defun gnus-agent-possibly-save-gcc ()
   "Save GCC if Gnus is unplugged."
   (when (and (not gnus-plugged) (gnus-agent-any-covered-gcc))
@@ -574,7 +605,7 @@ be a select method."
       (erase-buffer)
       (nnheader-insert-file-contents (gnus-agent-lib-file "flags"))
       (if (null (gnus-check-server gnus-command-method))
-         (message "Couldn't open server %s" (nth 1 gnus-command-method))
+         (gnus-message 1 "Couldn't open server %s" (nth 1 gnus-command-method))
        (while (not (eobp))
          (if (null (eval (read (current-buffer))))
              (progn (forward-line)
@@ -609,7 +640,7 @@ be a select method."
     (push method gnus-agent-covered-methods)
     (gnus-server-update-server server)
     (gnus-agent-write-servers)
-    (message "Entered %s into the Agent" server)))
+    (gnus-message 1 "Entered %s into the Agent" server)))
 
 (defun gnus-agent-remove-server (server)
   "Remove SERVER from the agent program."
@@ -623,17 +654,21 @@ be a select method."
          (delete method gnus-agent-covered-methods))
     (gnus-server-update-server server)
     (gnus-agent-write-servers)
-    (message "Removed %s from the agent" server)))
+    (gnus-message 1 "Removed %s from the agent" server)))
 
 (defun gnus-agent-read-servers ()
   "Read the alist of covered servers."
-  (setq gnus-agent-covered-methods
-       (mapcar (lambda (m)
-                 (gnus-server-get-method
-                  nil
-                  (or m "native")))
-               (gnus-agent-read-file
-                (nnheader-concat gnus-agent-directory "lib/servers")))))
+  (mapcar (lambda (m)
+           (let ((method (gnus-server-get-method
+                          nil
+                          (or m "native"))))
+             (if method
+                  (unless (member method gnus-agent-covered-methods)
+                    (push method gnus-agent-covered-methods))
+               (gnus-message 1 "Ignoring disappeared server `%s'" m)
+               (sit-for 1))))
+         (gnus-agent-read-file
+          (nnheader-concat gnus-agent-directory "lib/servers"))))
 
 (defun gnus-agent-write-servers ()
   "Write the alist of covered servers."
@@ -684,51 +719,53 @@ the actual number of articles toggled is returned."
   (gnus-agent-mark-article n 'toggle))
 
 (defun gnus-summary-set-agent-mark (article &optional unmark)
-  "Mark ARTICLE as downloadable."
-  (let ((unmark (if (and (not (null unmark)) (not (eq t unmark)))
-                   (memq article gnus-newsgroup-downloadable)
-                 unmark)))
+  "Mark ARTICLE as downloadable.  If UNMARK is nil, article is marked.
+When UNMARK is t, the article is unmarked.  For any other value, the
+article's mark is toggled."
+  (let ((unmark (cond ((eq nil unmark)
+                      nil)
+                     ((eq t unmark)
+                      t)
+                     (t
+                      (memq article gnus-newsgroup-downloadable)))))
+    (gnus-summary-update-mark
     (if unmark
-       (progn
+        (progn
          (setq gnus-newsgroup-downloadable
                (delq article gnus-newsgroup-downloadable))
-         (push article gnus-newsgroup-undownloaded))
-      (setq gnus-newsgroup-undownloaded
-           (delq article gnus-newsgroup-undownloaded))
+          (gnus-article-mark article))
+       (progn
       (setq gnus-newsgroup-downloadable
-           (gnus-add-to-sorted-list gnus-newsgroup-downloadable article)))
-    (gnus-summary-update-mark
-     (if unmark gnus-undownloaded-mark gnus-downloadable-mark)
+              (gnus-add-to-sorted-list gnus-newsgroup-downloadable article))
+        gnus-downloadable-mark)
+       )
      'unread)))
 
 (defun gnus-agent-get-undownloaded-list ()
-  "Mark all unfetched articles as read."
+  "Construct list of articles that have not been downloaded."
   (let ((gnus-command-method (gnus-find-method-for-group gnus-newsgroup-name)))
-    (when (and (not (gnus-online gnus-command-method))
-              (gnus-agent-method-p gnus-command-method))
-      (gnus-agent-load-alist gnus-newsgroup-name)
-      ;; First mark all undownloaded articles as undownloaded.
-      (let ((articles (mapcar (lambda (header) (mail-header-number header))
-                             gnus-newsgroup-headers))
-           (agent-articles gnus-agent-article-alist)
-           candidates article)
-       (while (setq article (pop articles))
-         (while (and agent-articles
-                     (< (caar agent-articles) article))
-           (setq agent-articles (cdr agent-articles)))
-         (when (or (not (cdar agent-articles))
-                   (not (= (caar agent-articles) article)))
-           (push article candidates)))
-       (dolist (article candidates)
-         (unless (or (memq article gnus-newsgroup-downloadable)
-                     (memq article gnus-newsgroup-cached))
-           (push article gnus-newsgroup-undownloaded))))
-      ;; Then mark downloaded downloadable as not-downloadable,
-      ;; if you get my drift.
-      (dolist (article gnus-newsgroup-downloadable)
-       (when (cdr (assq article gnus-agent-article-alist))
-         (setq gnus-newsgroup-downloadable
-               (delq article gnus-newsgroup-downloadable)))))))
+    (when (set (make-local-variable 'gnus-newsgroup-agentized) (gnus-agent-method-p gnus-command-method))
+      (let* ((alist (gnus-agent-load-alist gnus-newsgroup-name))
+           (headers gnus-newsgroup-headers)
+           (undownloaded (list nil))
+           (tail undownloaded))
+       (while (and alist headers)
+         (let ((a (caar alist))
+               (h (mail-header-number (car headers))))
+           (cond ((< a h)
+                  (pop alist)) ; ignore IDs in the alist that are not being displayed in the summary
+                 ((> a h)
+                  (pop headers)) ; ignore headers that are not in the alist as these should be fictious (see nnagent-retrieve-headers).
+                 ((cdar alist)
+                  (pop alist)
+                  (pop headers)
+                  nil; ignore already downloaded
+                  )
+                 (t
+                  (pop alist)
+                  (pop headers)
+                  (gnus-agent-append-to-list tail a)))))
+       (setq gnus-newsgroup-undownloaded (cdr undownloaded))))))
 
 (defun gnus-agent-catchup ()
   "Mark all undownloaded articles as read."
@@ -739,10 +776,27 @@ the actual number of articles toggled is returned."
        (pop gnus-newsgroup-undownloaded) gnus-catchup-mark)))
   (gnus-summary-position-point))
 
-(defun gnus-agent-summary-fetch-group ()
-  "Fetch the downloadable articles in the group."
+(defun gnus-agent-summary-fetch-series ()
   (interactive)
-  (let ((articles gnus-newsgroup-downloadable)
+  (let ((dl gnus-newsgroup-downloadable))
+    (while gnus-newsgroup-processable
+      (let* ((art (car (last gnus-newsgroup-processable)))
+             (gnus-newsgroup-downloadable (list art)))
+        (gnus-summary-goto-subject art)
+        (sit-for 0)
+        (gnus-agent-summary-fetch-group)
+        (setq dl (delq art dl))
+        (gnus-summary-remove-process-mark art)
+        (sit-for 0)))
+    (setq gnus-newsgroup-downloadable dl)))
+
+(defun gnus-agent-summary-fetch-group (&optional all)
+  "Fetch the downloadable articles in the group.
+Optional arg ALL, if non-nil, means to fetch all articles."
+  (interactive "P")
+  (let ((articles
+        (if all gnus-newsgroup-articles
+          gnus-newsgroup-downloadable))
        (gnus-command-method (gnus-find-method-for-group gnus-newsgroup-name))
        (state gnus-plugged))
     (unwind-protect
@@ -752,17 +806,32 @@ the actual number of articles toggled is returned."
          (unless articles
            (error "No articles to download"))
          (gnus-agent-with-fetch
-           (gnus-agent-fetch-articles gnus-newsgroup-name articles))
+             (setq gnus-newsgroup-undownloaded
+                   (gnus-sorted-ndifference gnus-newsgroup-undownloaded
+                                            (gnus-agent-fetch-articles gnus-newsgroup-name articles))))
          (save-excursion
            (dolist (article articles)
              (setq gnus-newsgroup-downloadable
                    (delq article gnus-newsgroup-downloadable))
              (if gnus-agent-mark-unread-after-downloaded
-                 (gnus-summary-mark-article article gnus-unread-mark)))))
+                 (gnus-summary-mark-article article gnus-unread-mark))
+             (gnus-summary-update-download-mark article))))
       (when (and (not state)
                 gnus-plugged)
        (gnus-agent-toggle-plugged nil)))))
 
+(defun gnus-agent-fetch-selected-article ()
+  "Fetch the current article as it is selected.
+This can be added to `gnus-select-article-hook' or
+`gnus-mark-article-hook'."
+  (let ((gnus-command-method gnus-current-select-method))
+    (when (and gnus-plugged (gnus-agent-method-p gnus-command-method))
+      (when (gnus-agent-fetch-articles
+             gnus-newsgroup-name
+            (list gnus-current-article))
+       (setq gnus-newsgroup-undownloaded (delq gnus-current-article gnus-newsgroup-undownloaded))
+       (gnus-summary-update-article gnus-current-article)))))
+
 ;;;
 ;;; Internal functions
 ;;;
@@ -850,8 +919,6 @@ the actual number of articles toggled is returned."
        ?. ?_)
       ?. ?/))))
 
-\f
-
 (defun gnus-agent-get-function (method)
   (if (gnus-online method)
       (car method)
@@ -878,14 +945,6 @@ the actual number of articles toggled is returned."
        (nnheader-insert-file-contents file))
       (set (make-local-variable 'gnus-agent-file-name) file))))
 
-(defun gnus-agent-save-history ()
-  (save-excursion
-    (set-buffer gnus-agent-current-history)
-    (gnus-make-directory (file-name-directory gnus-agent-file-name))
-    (let ((coding-system-for-write gnus-agent-file-coding-system))
-      (write-region (1+ (point-min)) (point-max)
-                   gnus-agent-file-name nil 'silent))))
-
 (defun gnus-agent-close-history ()
   (when (gnus-buffer-live-p gnus-agent-current-history)
     (kill-buffer gnus-agent-current-history)
@@ -893,43 +952,13 @@ the actual number of articles toggled is returned."
          (delq (assoc (gnus-agent-method) gnus-agent-history-buffers)
                gnus-agent-history-buffers))))
 
-(defun gnus-agent-enter-history (id group-arts date)
-  (save-excursion
-    (set-buffer gnus-agent-current-history)
-    (goto-char (point-max))
-    (let ((p (point)))
-      (insert id "\t" (number-to-string date) "\t")
-      (while group-arts
-       (insert (format "%S" (intern (caar group-arts)))
-               " " (number-to-string (cdr (pop group-arts)))
-               " "))
-      (insert "\n")
-      (while (search-backward "\\." p t)
-       (delete-char 1)))))
-
-(defun gnus-agent-article-in-history-p (id)
-  (save-excursion
-    (set-buffer (gnus-agent-history-buffer))
-    (goto-char (point-min))
-    (search-forward (concat "\n" id "\t") nil t)))
-
-(defun gnus-agent-history-path (id)
-  (save-excursion
-    (set-buffer (gnus-agent-history-buffer))
-    (goto-char (point-min))
-    (when (search-forward (concat "\n" id "\t") nil t)
-      (let ((method (gnus-agent-method)))
-       (let (paths group)
-         (while (not (numberp (setq group (read (current-buffer)))))
-           (push (concat method "/" group) paths))
-         (nreverse paths))))))
-
 ;;;
 ;;; Fetching
 ;;;
 
 (defun gnus-agent-fetch-articles (group articles)
   "Fetch ARTICLES from GROUP and put them into the Agent."
+  (gnus-agent-load-alist group)
   (when articles
     ;; Prune off articles that we have already fetched.
     (while (and articles
@@ -941,12 +970,14 @@ the actual number of articles toggled is returned."
            (setcdr arts (cddr arts))
          (setq arts (cdr arts)))))
     (when articles
-      (let ((dir (concat
+      (let* ((fetched-articles (list nil))
+            (tail-fetched-articles fetched-articles)
+            (dir (concat
                  (gnus-agent-directory)
                  (gnus-agent-group-path group) "/"))
            (date (time-to-days (current-time)))
            (case-fold-search t)
-           pos crosses id elem)
+            pos crosses id)
        (gnus-make-directory dir)
        (gnus-message 7 "Fetching articles for %s..." group)
        ;; Fetch the articles from the backend.
@@ -955,6 +986,8 @@ the actual number of articles toggled is returned."
          (with-temp-buffer
            (let (article)
              (while (setq article (pop articles))
+               (gnus-message 10 "Fetching article %s for %s..."
+                             article group)
                (when (or
                       (gnus-backlog-request-article group article
                                                     nntp-server-buffer)
@@ -974,17 +1007,18 @@ the actual number of articles toggled is returned."
              (when (search-forward "\n\n" nil t)
                (when (search-backward "\nXrefs: " nil t)
                  ;; Handle cross posting.
-                 (skip-chars-forward "^ ")
+                  (goto-char (match-end 0)) ; move to end of header name
+                 (skip-chars-forward "^ ") ; skip server name
                  (skip-chars-forward " ")
                  (setq crosses nil)
-                 (while (looking-at "\\([^: \n]+\\):\\([0-9]+\\) +")
+                 (while (looking-at "\\([^: \n]+\\):\\([0-9]+\\) *")
                    (push (cons (buffer-substring (match-beginning 1)
                                                  (match-end 1))
-                               (buffer-substring (match-beginning 2)
-                                                 (match-end 2)))
+                               (string-to-int (buffer-substring (match-beginning 2)
+                                                                 (match-end 2))))
                          crosses)
                    (goto-char (match-end 0)))
-                 (gnus-agent-crosspost crosses (caar pos))))
+                 (gnus-agent-crosspost crosses (caar pos) date)))
              (goto-char (point-min))
              (if (not (re-search-forward
                        "^Message-ID: *<\\([^>\n]+\\)>" nil t))
@@ -995,15 +1029,17 @@ the actual number of articles toggled is returned."
                (write-region (point-min) (point-max)
                              (concat dir (number-to-string (caar pos)))
                              nil 'silent))
-             (when (setq elem (assq (caar pos) gnus-agent-article-alist))
-               (setcdr elem t))
-             (gnus-agent-enter-history
-              id (or crosses (list (cons group (caar pos)))) date))
+
+             (gnus-agent-append-to-list tail-fetched-articles (caar pos)))
            (widen)
            (pop pos)))
-       (gnus-agent-save-alist group)))))
 
-(defun gnus-agent-crosspost (crosses article)
+       (gnus-agent-save-alist group (cdr fetched-articles) date)
+       (cdr fetched-articles)))))
+
+(defun gnus-agent-crosspost (crosses article &optional date)
+  (setq date (or date t))
+
   (let (gnus-agent-article-alist group alist beg end)
     (save-excursion
       (set-buffer gnus-agent-overview-buffer)
@@ -1016,7 +1052,7 @@ the actual number of articles toggled is returned."
       (unless (setq alist (assoc group gnus-agent-group-alist))
        (push (setq alist (list group (gnus-agent-load-alist (caar crosses))))
              gnus-agent-group-alist))
-      (setcdr alist (cons (cons (cdar crosses) t) (cdr alist)))
+      (setcdr alist (cons (cons (cdar crosses) date) (cdr alist)))
       (save-excursion
        (set-buffer (gnus-get-buffer-create (format " *Gnus agent overview %s*"
                                                    group)))
@@ -1027,9 +1063,50 @@ the actual number of articles toggled is returned."
             (gnus-agent-article-name ".overview" group))))
        (nnheader-find-nov-line (string-to-number (cdar crosses)))
        (insert (string-to-number (cdar crosses)))
-       (insert-buffer-substring gnus-agent-overview-buffer beg end))
+       (insert-buffer-substring gnus-agent-overview-buffer beg end)
+        (gnus-agent-check-overview-buffer))
       (pop crosses))))
 
+(defun gnus-agent-check-overview-buffer (&optional buffer)
+  "Check the overview file given for sanity.
+In particular, checks that the file is sorted by article number
+and that there are no duplicates."
+  (let ((prev-num -1))
+    (save-excursion
+      (when buffer
+       (set-buffer buffer))
+      (save-restriction
+       (widen)
+       (goto-char (point-min))
+
+       (while (< (point) (point-max))
+         (let ((p (point))
+               (cur (condition-case nil
+                        (read (current-buffer))
+                      (error nil))))
+           (cond
+            ((or (not (integerp cur))
+                 (not (eq (char-after) ?\t)))
+             (gnus-message 1
+                           "Overview buffer contains garbage '%s'."
+                           (buffer-substring
+                            p (gnus-point-at-eol))))
+            ((= cur prev-num)
+             (gnus-message 1
+                           "Duplicate overview line for %d" cur)
+             (delete-region (point) (progn (forward-line 1) (point))))
+            ((< cur 0)
+             (gnus-message 1 "Junk article number %d" cur)
+             (delete-region (point) (progn (forward-line 1) (point))))
+            ((< cur prev-num)
+             (sort-numeric-fields 1 (point-min) (point-max))
+             (goto-char (point-min))
+             (setq prev-num -1)
+             (gnus-message 1 "Overview buffer not sorted!"))
+            (t
+             (setq prev-num cur)))
+           (forward-line 1)))))))
+
 (defun gnus-agent-flush-cache ()
   (save-excursion
     (while gnus-agent-buffer-alist
@@ -1042,50 +1119,98 @@ the actual number of articles toggled is returned."
                      nil 'silent))
       (pop gnus-agent-buffer-alist))
     (while gnus-agent-group-alist
-      (with-temp-file (caar gnus-agent-group-alist)
+      (with-temp-file (gnus-agent-article-name ".agentview" (caar gnus-agent-group-alist))
        (princ (cdar gnus-agent-group-alist))
+       (insert "\n")
+        (princ 1 (current-buffer))
        (insert "\n"))
       (pop gnus-agent-group-alist))))
 
 (defun gnus-agent-fetch-headers (group &optional force)
-  (let ((articles (gnus-list-of-unread-articles group))
-       (gnus-decode-encoded-word-function 'identity)
-       (file (gnus-agent-article-name ".overview" group))
-       gnus-agent-cache)
-    ;; Add article with marks to list of article headers we want to fetch.
-    (dolist (arts (gnus-info-marks (gnus-get-info group)))
-      (unless (memq (car arts) '(seen recent))
-       (setq articles (gnus-range-add articles (cdr arts)))))
-    (setq articles (sort (gnus-uncompress-sequence articles) '<))
-    ;; Remove known articles.
-    (when (gnus-agent-load-alist group)
-      (setq articles (gnus-list-range-intersection
-                     articles
-                     (list
-                      (cons (1+ (caar (last gnus-agent-article-alist)))
-                            (cdr (gnus-active group)))))))
-    ;; Fetch them.
-    (gnus-make-directory (nnheader-translate-file-chars
-                         (file-name-directory file) t))
-    (when articles
-      (gnus-message 7 "Fetching headers for %s..." group)
+  "Fetch interesting headers into the agent.  The group's overview
+file will be updated to include the headers while a list of available
+article numbers will be returned."
+  (let* ((fetch-all (and gnus-agent-consider-all-articles
+                         ;; Do not fetch all headers if the predicate
+                         ;; implies that we only consider unread articles.
+                         (not (gnus-predicate-implies-unread
+                               (or (gnus-group-find-parameter
+                                    group 'agent-predicate t)
+                                   (cadr (gnus-group-category group)))))))
+         (articles (if fetch-all
+                       (gnus-uncompress-range (gnus-active group))
+                     (gnus-list-of-unread-articles group)))
+         (gnus-decode-encoded-word-function 'identity)
+         (file (gnus-agent-article-name ".overview" group))
+         gnus-agent-cache)
+
+    (unless fetch-all
+      ;; Add articles with marks to the list of article headers we want to
+      ;; fetch.  Don't fetch articles solely on the basis of a recent or seen
+      ;; mark, but do fetch recent or seen articles if they have other, more
+      ;; interesting marks.  (We have to fetch articles with boring marks
+      ;; because otherwise the agent will remove their marks.)
+      (dolist (arts (gnus-info-marks (gnus-get-info group)))
+        (unless (memq (car arts) '(seen recent))
+          (setq articles (gnus-range-add articles (cdr arts)))))
+      (setq articles (sort (gnus-uncompress-sequence articles) '<)))
+
+    ;; At this point, I have the list of articles to consider for fetching.  
+    ;; This is the list that I'll return to my caller. Some of these articles may have already 
+    ;; been fetched.  That's OK as the fetch article code will filter those out.
+    ;; Internally, I'll filter this list to just those articles whose headers need to be fetched.
+    (let ((articles articles))
+      ;; Remove known articles.
+      (when (gnus-agent-load-alist group)
+        ;; Remove articles marked as downloaded.
+        (if fetch-all
+            ;; I want to fetch all headers in the active range.  
+            ;; Therefore, exclude only those headers that are in the article alist.
+            ;; NOTE: This is probably NOT what I want to do after agent expiration in this group.
+            (setq articles (gnus-agent-uncached-articles articles group))
+
+          ;; I want to only fetch those headers that have never been fetched. 
+          ;; Therefore, exclude all headers that are, or WERE, in the article alist.
+          (let ((low (1+ (caar (last gnus-agent-article-alist))))
+                (high (cdr (gnus-active group))))
+            ;; Low can be greater than High when the same group is fetched twice
+            ;; in the same session {The first fetch will fill the article alist 
+            ;; such that (last gnus-agent-article-alist) equals (cdr (gnus-active group))}.  
+            ;; The addition of one(the 1+ above) then forces Low to be greater than High.  
+            ;; When this happens, gnus-list-range-intersection returns nil which indicates 
+            ;; that no headers need to be fetched. -- Kevin
+            (setq articles (gnus-list-range-intersection
+                            articles (list (cons low high)))))))
       (save-excursion
-       (set-buffer nntp-server-buffer)
-       (unless (eq 'nov (gnus-retrieve-headers articles group))
-         (nnvirtual-convert-headers))
-       ;; Save these headers for later processing.
-       (copy-to-buffer gnus-agent-overview-buffer (point-min) (point-max))
-       (when (file-exists-p file)
-         (gnus-agent-braid-nov group articles file))
-       (let ((coding-system-for-write
-              gnus-agent-file-coding-system))
-         (write-region (point-min) (point-max) file nil 'silent))
-       (gnus-agent-save-alist group articles nil)
-       (gnus-agent-enter-history
-        "last-header-fetched-for-session"
-        (list (cons group (nth (- (length  articles) 1) articles)))
-        (time-to-days (current-time)))
-       articles))))
+        (set-buffer nntp-server-buffer)
+
+        (if articles
+            (progn
+              (gnus-message 7 "Fetching headers for %s..." group)
+
+              ;; Fetch them.
+              (gnus-make-directory (nnheader-translate-file-chars
+                                    (file-name-directory file) t))
+
+              (unless (eq 'nov (gnus-retrieve-headers articles group))
+                (nnvirtual-convert-headers))
+              (gnus-agent-check-overview-buffer)
+              ;; Move these headers to the overview buffer so that gnus-agent-braid-nov can merge them
+              ;; with the contents of FILE.
+              (copy-to-buffer gnus-agent-overview-buffer (point-min) (point-max))
+              (when (file-exists-p file)
+                (gnus-agent-braid-nov group articles file))
+              (let ((coding-system-for-write
+                     gnus-agent-file-coding-system))
+                (gnus-agent-check-overview-buffer)
+                (write-region (point-min) (point-max) file nil 'silent))
+              (gnus-agent-save-alist group articles nil)
+              articles)
+          (ignore-errors
+            (erase-buffer)
+            (nnheader-insert-file-contents file))))
+      )
+    articles))
 
 (defsubst gnus-agent-copy-nov-line (article)
   (let (art b e)
@@ -1103,6 +1228,8 @@ the actual number of articles toggled is returned."
       (insert-buffer-substring gnus-agent-overview-buffer b e))))
 
 (defun gnus-agent-braid-nov (group articles file)
+  "Merges the article headers identified by ARTICLES from gnus-agent-overview-buffer with the contents
+of FILE placing the combined headers in nntp-server-buffer."
   (let (start last)
     (set-buffer gnus-agent-overview-buffer)
     (goto-char (point-min))
@@ -1110,45 +1237,112 @@ the actual number of articles toggled is returned."
     (erase-buffer)
     (nnheader-insert-file-contents file)
     (goto-char (point-max))
+    (forward-line -1)
+    (unless (looking-at "[0-9]+\t")
+      ;; Remove corrupted lines
+      (gnus-message 1 "Overview %s is corrupted. Removing corrupted lines..." file)
+      (goto-char (point-min))
+      (while (not (eobp))
+       (if (looking-at "[0-9]+\t")
+           (forward-line 1)
+         (delete-region (point) (progn (forward-line 1) (point)))))
+      (forward-line -1))
     (unless (or (= (point-min) (point-max))
-               (progn
-                 (forward-line -1)
-                 (< (setq last (read (current-buffer))) (car articles))))
+               (< (setq last (read (current-buffer))) (car articles)))
       ;; We do it the hard way.
-      (nnheader-find-nov-line (car articles))
+      (when (nnheader-find-nov-line (car articles))
+        ;; Replacing existing NOV entry
+        (delete-region (point) (progn (forward-line 1) (point))))
       (gnus-agent-copy-nov-line (pop articles))
-      (while (and articles
-                 (not (eobp)))
-       (while (and (not (eobp))
-                   (< (read (current-buffer)) (car articles)))
-         (forward-line 1))
-       (beginning-of-line)
-       (unless (eobp)
+
+      (ignore-errors
+        (while articles
+          (while (let ((art (read (current-buffer))))
+                   (cond ((< art (car articles))
+                          (forward-line 1)
+                          t)
+                         ((= art (car articles))
+                          (beginning-of-line)
+                          (delete-region (point) (progn (forward-line 1) (point)))
+                          nil)
+                         (t
+                          (beginning-of-line)
+                          nil))))
+            
          (gnus-agent-copy-nov-line (pop articles)))))
+
     ;; Copy the rest lines
     (set-buffer nntp-server-buffer)
     (goto-char (point-max))
     (when articles
       (when last
        (set-buffer gnus-agent-overview-buffer)
-       (while (and (not (eobp))
-                   (<= (read (current-buffer)) last))
-         (forward-line 1))
+       (ignore-errors
+          (while (<= (read (current-buffer)) last)
+            (forward-line 1)))
        (beginning-of-line)
        (setq start (point))
        (set-buffer nntp-server-buffer))
       (insert-buffer-substring gnus-agent-overview-buffer start))))
 
-(defun gnus-agent-load-alist (group &optional dir)
-  "Load the article-state alist for GROUP."
-  (let ((file ))
-  (setq gnus-agent-article-alist
-       (gnus-cache-file-contents
-        (if dir
-                 (expand-file-name ".agentview" dir)
-               (gnus-agent-article-name ".agentview" group))
-        'gnus-agent-file-loading-cache
-        'gnus-agent-read-file))))
+(eval-when-compile ; Keeps the compiler from warning about the free variable in gnus-agent-read-agentview
+  (defvar gnus-agent-read-agentview))
+
+(defun gnus-agent-load-alist (group)
+  (let ((gnus-agent-read-agentview group)) ; Binds free variable that's used in gnus-agent-read-agentview
+    "Load the article-state alist for GROUP."
+    (setq gnus-agent-article-alist
+          (gnus-cache-file-contents
+           (gnus-agent-article-name ".agentview" group)
+           'gnus-agent-file-loading-cache
+           'gnus-agent-read-agentview))))
+
+;; Save format may be either 1 or 2.  Two is the new, compressed format that is still being tested.  Format 1 is uncompressed but known to be reliable.
+(defconst gnus-agent-article-alist-save-format 2)
+
+(defun gnus-agent-read-agentview (file)
+  "Load FILE and do a `read' there."
+  (with-temp-buffer
+    (ignore-errors
+      (nnheader-insert-file-contents file)
+      (goto-char (point-min))
+      (let ((alist (read (current-buffer)))
+            (version (condition-case nil (read (current-buffer))
+                       (end-of-file 0)))
+            changed-version)
+
+        (cond ((= version 0)
+               (let ((inhibit-quit t)
+                     entry)
+                 (gnus-agent-open-history)
+                 (set-buffer (gnus-agent-history-buffer))
+                 (goto-char (point-min))
+                 (while (not (eobp))
+                   (if (and (looking-at
+                             "[^\t\n]+\t\\([0-9]+\\)\t\\([^ \n]+\\) \\([0-9]+\\)")
+                            (string= (match-string 2)
+                                     gnus-agent-read-agentview)
+                            (setq entry (assoc (string-to-number (match-string 3)) alist)))
+                       (setcdr entry (string-to-number (match-string 1))))
+                   (forward-line 1))
+                 (gnus-agent-close-history)
+                 (setq changed-version t)))
+              ((= version 1)
+               (setq changed-version (not (= 1 gnus-agent-article-alist-save-format))))
+              ((= version 2)
+               (let (uncomp)
+                 (mapcar (lambda (comp-list)
+                           (let ((state (car comp-list))
+                                 (sequence (gnus-uncompress-sequence (cdr comp-list))))
+                             (mapcar (lambda (article-id)
+                                       (setq uncomp (cons (cons article-id state) uncomp))) sequence))) alist)
+                 (setq alist (sort uncomp (lambda (first second) (< (car first) (car second)))))
+                 )
+               ))
+        (when changed-version
+          (let ((gnus-agent-article-alist alist))
+            (gnus-agent-save-alist gnus-agent-read-agentview)))
+        alist))))
 
 (defun gnus-agent-save-alist (group &optional articles state dir)
   "Save the article-state alist for GROUP."
@@ -1158,7 +1352,7 @@ the actual number of articles toggled is returned."
         print-level print-length item article)
     (while (setq article (pop articles))
       (while (and (cdr prev)
-                (< (caadr prev) article))
+                  (< (caadr prev) article))
        (setq prev (cdr prev)))
       (cond
        ((not (cdr prev))
@@ -1169,10 +1363,31 @@ the actual number of articles toggled is returned."
        (setcdr (cadr prev) state)))
       (setq prev (cdr prev)))
     (setq gnus-agent-article-alist (cdr all))
+    (if dir
+       (gnus-make-directory dir)
+      (gnus-make-directory (gnus-agent-article-name "" group)))
     (with-temp-file (if dir
                        (expand-file-name ".agentview" dir)
                      (gnus-agent-article-name ".agentview" group))
-      (princ gnus-agent-article-alist (current-buffer))
+      (cond ((eq gnus-agent-article-alist-save-format 1)
+             (princ gnus-agent-article-alist (current-buffer)))
+            ((eq gnus-agent-article-alist-save-format 2)
+             (let ((compressed nil))
+               (mapcar (lambda (pair)
+                         (let* ((article-id (car pair))
+                                (day-of-download (cdr pair))
+                                (comp-list (assq day-of-download compressed)))
+                           (if comp-list
+                               (setcdr comp-list (cons article-id (cdr comp-list)))
+                             (setq compressed (cons (list day-of-download article-id) compressed)))
+                           nil)) gnus-agent-article-alist)
+               (mapcar (lambda (comp-list) (setcdr comp-list (gnus-compress-sequence (nreverse (cdr comp-list))))) compressed)
+               (princ compressed (current-buffer))
+               )
+             )
+            )
+      (insert "\n")
+      (princ gnus-agent-article-alist-save-format (current-buffer))
       (insert "\n"))))
 
 (defun gnus-agent-article-name (article group)
@@ -1218,13 +1433,13 @@ the actual number of articles toggled is returned."
                    (when (<= (gnus-group-level group) gnus-agent-handle-level)
                      (gnus-agent-fetch-group-1 group gnus-command-method))))))
          (error
-          (unless (funcall gnus-agent-confirmation-function
-                           (format "Error (%s).  Continue? " (cadr err)))
-            (error "Cannot fetch articles into the Gnus agent")))
+           (unless (funcall gnus-agent-confirmation-function
+                           (format "Error %s.  Continue? " (cdr err)))
+             (error "Cannot fetch articles into the Gnus agent")))
          (quit
           (unless (funcall gnus-agent-confirmation-function
-                           (format "Quit fetching session (%s).  Continue? "
-                                   (cadr err)))
+                           (format "Quit fetching session %s.  Continue? "
+                                   (cdr err)))
             (signal 'quit "Cannot fetch articles into the Gnus agent"))))
        (pop methods))
       (run-hooks 'gnus-agent-fetch-hook)
@@ -1246,68 +1461,125 @@ the actual number of articles toggled is returned."
        )
     (unless (gnus-check-group group)
       (error "Can't open server for %s" group))
+
     ;; Fetch headers.
-    (when (and (or (gnus-active group)
-                  (gnus-activate-group group))
-              (setq articles (gnus-agent-fetch-headers group))
-              (let ((nntp-server-buffer gnus-agent-overview-buffer))
-                ;; Parse them and see which articles we want to fetch.
-                (setq gnus-newsgroup-dependencies
-                      (make-vector (length articles) 0))
-                (setq gnus-newsgroup-headers
-                      (gnus-get-newsgroup-headers-xover articles nil nil
-                                                        group))
-                ;; `gnus-agent-overview-buffer' may be killed for
-                ;; timeout reason.  If so, recreate it.
-                (gnus-agent-create-buffer)))
-      (setq category (gnus-group-category group))
-      (setq predicate
-           (gnus-get-predicate
-            (or (gnus-group-find-parameter group 'agent-predicate t)
-                (cadr category))))
-      (if (memq predicate '(gnus-agent-true gnus-agent-false))
-         ;; Simple implementation
-         (setq arts (and (eq predicate 'gnus-agent-true) articles))
-       (setq arts nil)
-       (setq score-param
-             (or (gnus-group-get-parameter group 'agent-score t)
-                 (caddr category)))
-       ;; Translate score-param into real one
-       (cond
-        ((not score-param))
-        ((eq score-param 'file)
-         (setq score-param (gnus-all-score-files group)))
-        ((stringp (car score-param)))
-        (t
-         (setq score-param (list (list score-param)))))
-       (when score-param
-         (gnus-score-headers score-param))
-       (while (setq gnus-headers (pop gnus-newsgroup-headers))
-         (setq gnus-score
-               (or (cdr (assq (mail-header-number gnus-headers)
-                              gnus-newsgroup-scored))
-                   gnus-summary-default-score))
-         (when (funcall predicate)
-           (push (mail-header-number gnus-headers)
-                 arts))))
-      ;; Fetch the articles.
-      (when arts
-       (gnus-agent-fetch-articles group arts)))
-    ;; Perhaps we have some additional articles to fetch.
-    (dolist (mark gnus-agent-download-marks)
-      (setq arts (assq mark (gnus-info-marks
-                            (setq info (gnus-get-info group)))))
-      (when (cdr arts)
-       (gnus-message 8 "Agent is downloading marked articles...")
-       (gnus-agent-fetch-articles
-        group (gnus-uncompress-range (cdr arts)))
-       (when (eq mark 'download)
-         (setq marks (delq arts (gnus-info-marks info)))
-         (gnus-info-set-marks info marks)
-         (gnus-dribble-enter
-          (concat "(gnus-group-set-info '"
-                  (gnus-prin1-to-string info)
-                  ")")))))))
+    (when (or (gnus-active group)
+              (gnus-activate-group group))
+      (let ((marked-articles nil))
+        ;; Identify the articles marked for download
+        (dolist (mark gnus-agent-download-marks)
+          (let ((arts (cdr (assq mark (gnus-info-marks
+                                       (setq info (gnus-get-info group)))))))
+            (when arts
+              (setq marked-articles (nconc (gnus-uncompress-range arts)
+                                           marked-articles))
+              )))
+        (setq marked-articles (sort marked-articles '<))
+
+        ;; Fetch any new articles from the server
+        (setq articles (gnus-agent-fetch-headers group))
+
+        ;; Merge new articles with marked
+        (setq articles (sort (append marked-articles articles) '<))
+
+        (when articles
+          ;; Parse them and see which articles we want to fetch.
+          (setq gnus-newsgroup-dependencies
+                (make-vector (length articles) 0))
+
+          (setq gnus-newsgroup-headers
+                (gnus-get-newsgroup-headers-xover articles nil nil
+                                                  group))
+          ;; `gnus-agent-overview-buffer' may be killed for
+          ;; timeout reason.  If so, recreate it.
+          (gnus-agent-create-buffer)
+
+          ;; Figure out how to select articles in this group
+          (setq category (gnus-group-category group))
+
+          (setq predicate
+                (gnus-get-predicate
+                 (or (gnus-group-find-parameter group 'agent-predicate t)
+                     (cadr category))))
+
+          ;; If the selection predicate requires scoring, score each header
+          (unless (memq predicate '(gnus-agent-true gnus-agent-false))
+            (let ((score-param
+                   (or (gnus-group-get-parameter group 'agent-score t)
+                       (caddr category))))
+              ;; Translate score-param into real one
+              (cond
+               ((not score-param))
+               ((eq score-param 'file)
+                (setq score-param (gnus-all-score-files group)))
+               ((stringp (car score-param)))
+               (t
+                (setq score-param (list (list score-param)))))
+              (when score-param
+                (gnus-score-headers score-param))))
+
+          (unless (and (eq predicate 'gnus-agent-false)
+                       (not marked-articles))
+            (let* ((arts (list nil))
+                   (arts-tail arts)
+                   (chunk-size 0)
+                   (marked-articles marked-articles)
+                   is-marked)
+              (while (setq gnus-headers (pop gnus-newsgroup-headers))
+                (let ((num (mail-header-number gnus-headers)))
+                  ;; Determine if this article was marked for download.
+                  (while (and marked-articles
+                              (cond ((< num (car marked-articles))
+                                     nil)
+                                    ((= num (car marked-articles))
+                                     (setq is-marked t)
+                                     nil)
+                                    (t
+                                     (setq marked-articles
+                                           (cdr marked-articles))))))
+
+                  ;; When this article is marked, or selected by the
+                  ;; predicate, add it to the download list
+                  (when (or is-marked
+                            (let ((gnus-score
+                                   (or (cdr (assq num gnus-newsgroup-scored))
+                                       gnus-summary-default-score)))
+                              (funcall predicate)))
+                    (gnus-agent-append-to-list arts-tail num)
+
+                    ;; When the expected size of the fetched articles
+                    ;; exceeds gnus-agent-max-fetch-size, perform the
+                    ;; fetch.
+                    (when (< gnus-agent-max-fetch-size
+                             (setq chunk-size
+                                   (+ chunk-size
+                                      (mail-header-chars gnus-headers))))
+                      (gnus-agent-fetch-articles group (cdr arts))
+                      (setcdr arts nil)
+                      (setq arts-tail arts)
+                      (setq chunk-size 0)))))
+
+              ;; Fetch all remaining articles
+              (when (cdr arts)
+                (gnus-agent-fetch-articles group (cdr arts)))))
+
+          ;; When some, or all, of the marked articles came
+          ;; from the download mark.  Remove that mark.  I
+          ;; didn't do this earlier as I only want to remove
+          ;; the marks after the fetch is completed.
+
+          (when marked-articles
+            (dolist (mark gnus-agent-download-marks)
+              (when (eq mark 'download)
+                (setq arts (assq mark (gnus-info-marks
+                                       (setq info (gnus-get-info group)))))
+                (when (cdr arts)
+                  (setq marks (delq arts (gnus-info-marks info)))
+                  (gnus-info-set-marks info marks)
+                  (gnus-dribble-enter
+                   (concat "(gnus-group-set-info '"
+                           (gnus-prin1-to-string info)
+                           ")")))))))))))
 
 ;;;
 ;;; Agent Category Mode
@@ -1323,8 +1595,8 @@ Valid specifiers include:
 %c  Topic name (string)
 %g  The number of groups in the topic (integer)
 
-General format specifiers can also be used.  See
-(gnus)Formatting Variables.")
+General format specifiers can also be used.  See Info node
+`(gnus)Formatting Variables'.")
 
 (defvar gnus-category-mode-line-format "Gnus: %%b"
   "The format specification for the category mode line.")
@@ -1401,7 +1673,7 @@ General format specifiers can also be used.  See
 All normal editing commands are switched off.
 \\<gnus-category-mode-map>
 For more in-depth information on this mode, read the manual
-(`\\[gnus-info-find-node]').
+\(`\\[gnus-info-find-node]').
 
 The following commands are available:
 
@@ -1560,6 +1832,7 @@ The following commands are available:
     (long . gnus-agent-long-p)
     (low . gnus-agent-low-scored-p)
     (high . gnus-agent-high-scored-p)
+    (read . gnus-agent-read-p)
     (true . gnus-agent-true)
     (false . gnus-agent-false))
   "Mapping from short score predicate symbols to predicate functions.")
@@ -1591,6 +1864,11 @@ The following commands are available:
   "Say whether an article has a high score or not."
   (> gnus-score gnus-agent-high-score))
 
+(defun gnus-agent-read-p ()
+  "Say whether an article is read or not."
+  (gnus-member-of-range (mail-header-number gnus-headers)
+                       (gnus-info-read (gnus-get-info gnus-newsgroup-name))))
+
 (defun gnus-category-make-function (cat)
   "Make a function from category CAT."
   (let ((func (gnus-category-make-function-1 cat)))
@@ -1637,6 +1915,14 @@ The following commands are available:
                     (list (cons predicate func))))
        func)))
 
+(defun gnus-predicate-implies-unread (predicate)
+  "Say whether PREDICATE implies unread articles only.
+It is okay to miss some cases, but there must be no false positives.
+That is, if this function returns true, then indeed the predicate must
+return only unread articles."
+  ;; Todo: make this work in more cases.
+  (equal predicate '(not read)))
+
 (defun gnus-group-category (group)
   "Return the category GROUP belongs to."
   (unless gnus-category-group-cache
@@ -1653,228 +1939,268 @@ The following commands are available:
 (defun gnus-agent-expire (&optional articles group force)
   "Expire all old articles.
 If you want to force expiring of certain articles, this function can
-take ARTICLES, GROUP and FORCE parameters as well.  Setting ARTICLES
-and GROUP without FORCE is not supported."
+take ARTICLES, GROUP and FORCE parameters as well.
+
+The articles on which the expiration process runs are selected as follows:
+  if ARTICLES is null, all read and unmarked articles.
+  if ARTICLES is t, all articles.
+  if ARTICLES is a list, just those articles.
+Setting GROUP will limit expiration to that group.
+FORCE is equivalent to setting gnus-agent-expire-days to zero(0)."
   (interactive)
-  (let ((methods (if group
-                    (list (gnus-find-method-for-group group))
-                  gnus-agent-covered-methods))
-       (day (if (numberp gnus-agent-expire-days)
-                (- (time-to-days (current-time)) gnus-agent-expire-days)
-              nil))
-       (current-day (time-to-days (current-time)))
-       gnus-command-method sym arts pos
-       history overview file histories elem art nov-file low info
-       unreads marked article orig lowest highest found days)
-    (save-excursion
-      (setq overview (gnus-get-buffer-create " *expire overview*"))
-      (while (setq gnus-command-method (pop methods))
-       (when (file-exists-p (gnus-agent-lib-file "active"))
-         (with-temp-buffer
-           (nnheader-insert-file-contents (gnus-agent-lib-file "active"))
-           (gnus-active-to-gnus-format
-            gnus-command-method
-            (setq orig (gnus-make-hashtable
-                        (count-lines (point-min) (point-max))))))
-         (let ((expiry-hashtb (gnus-make-hashtable 1023)))
-           (gnus-agent-open-history)
-           (set-buffer
-            (setq gnus-agent-current-history
-                  (setq history (gnus-agent-history-buffer))))
-           (goto-char (point-min))
-           (if (and articles group force) ;; point usless without art+group
-               (while (setq article (pop articles))
-                 ;; try to find history entries for articles
-                 (goto-char (point-min))
-                 (if (re-search-forward 
-                      (concat "^[^\t]*\t[^\t]*\t\(.* ?\)"
-                              (format "%S" (gnus-group-prefixed-name
-                                            group gnus-command-method))
-                              " "
-                              (number-to-string article)
-                              " $")
-                      nil t)
-                     (setq pos (point))
-                   (setq pos nil))
-                 (setq sym (let ((obarray expiry-hashtb) s)
-                             (intern group)))
-                 (if (boundp sym)
-                     (set sym (cons (cons article pos)
-                                    (symbol-value sym)))
-                   (set sym (list (cons article pos)))))
-             ;; go through history file to find eligble articles
-             (when (> (buffer-size) 1)
-               (goto-char (point-min))
-               (while (not (eobp))
-                 (skip-chars-forward "^\t")
-                 (if (let ((fetch-date (read (current-buffer))))
-                       (if (numberp fetch-date)
-                           ;; We now have the arrival day, so we see
-                           ;; whether it's old enough to be expired.
-                           (if (numberp day)
-                               (> fetch-date day)
-                             (skip-chars-forward "\t")
-                             (setq found nil
-                                   days gnus-agent-expire-days)
-                             (while (and (not found)
-                                         days)
-                               (when (looking-at (caar days))
-                                 (setq found (cadar days)))
-                               (pop days))
-                             (> fetch-date (- current-day found)))
-                         ;; History file is corrupted.
-                         (gnus-message
-                          5
-                          (format "File %s is corrupted!"
-                                  (gnus-agent-lib-file "history")))
-                         (sit-for 1)
-                         ;; Ignore it
-                         t))
-                     ;; New article; we don't expire it.
-                     (forward-line 1)
-                   ;; Old article.  Schedule it for possible nuking.
-                   (while (not (eolp))
-                     (setq sym (let ((obarray expiry-hashtb) s)
-                                 (setq s (read (current-buffer)))
-                                 (if (stringp s) (intern s) s)))
-                     (if (boundp sym)
-                         (set sym (cons (cons (read (current-buffer)) (point))
-                                        (symbol-value sym)))
-                       (set sym (list (cons (read (current-buffer))
-                                            (point)))))
-                     (skip-chars-forward " "))
-                   (forward-line 1)))))
-           ;; We now have all articles that can possibly be expired.
-           (mapatoms
-            (lambda (sym)
-              (setq group (symbol-name sym)
-                    arts (sort (symbol-value sym) 'car-less-than-car)
-                    low (car (gnus-active group))
-                    info (gnus-get-info group)
-                    unreads (ignore-errors
-                              (gnus-list-of-unread-articles group))
-                    marked (nconc
-                            (gnus-uncompress-range
-                             (cdr (assq 'tick (gnus-info-marks info))))
-                            (gnus-uncompress-range
-                             (cdr (assq 'dormant
-                                        (gnus-info-marks info)))))
-                    nov-file (gnus-agent-article-name ".overview" group)
-                    lowest nil
-                    highest nil)
-              (gnus-agent-load-alist group)
-              (gnus-message 5 "Expiring articles in %s" group)
-              (set-buffer overview)
-              (erase-buffer)
-              (when (file-exists-p nov-file)
-                (nnheader-insert-file-contents nov-file))
-              (goto-char (point-min))
-              (setq article 0)
-              (while (setq elem (pop arts))
-                (setq article (car elem))
-                (when (or (null low)
-                          (< article low)
-                          gnus-agent-expire-all
-                          (and (not (memq article unreads))
-                               (not (memq article marked)))
-                          force)
-                  ;; Find and nuke the NOV line.
-                  (while (and (not (eobp))
-                              (or (not (numberp
-                                        (setq art (read (current-buffer)))))
-                                  (< art article)))
-                    (if (and (numberp art)
-                             (file-exists-p
-                              (gnus-agent-article-name
-                               (number-to-string art) group)))
-                        (progn
-                          (unless lowest
-                            (setq lowest art))
-                          (setq highest art)
-                          (forward-line 1))
-                      ;; Remove old NOV lines that have no articles.
-                      (gnus-delete-line)))
-                  (if (or (eobp)
-                          (/= art article))
-                      (beginning-of-line)
-                    (gnus-delete-line))
-                  ;; Nuke the article.
-                  (when (file-exists-p
-                         (setq file (gnus-agent-article-name
-                                     (number-to-string article)
-                                     group)))
-                    (delete-file file))
-                  ;; Schedule the history line for nuking.
-                  (if (cdr elem)
-                      (push (cdr elem) histories))))
-              (gnus-make-directory (file-name-directory nov-file))
-              (let ((coding-system-for-write
-                     gnus-agent-file-coding-system))
-                (write-region (point-min) (point-max) nov-file nil 'silent))
-              ;; Delete the unwanted entries in the alist.
-              (setq gnus-agent-article-alist
-                    (sort gnus-agent-article-alist 'car-less-than-car))
-              (let* ((alist gnus-agent-article-alist)
-                     (prev (cons nil alist))
-                     (first prev)
-                     expired)
-                (while (and alist
-                            (<= (caar alist) article))
-                  (if (or (not (cdar alist))
-                          (not (file-exists-p
-                                (gnus-agent-article-name
-                                 (number-to-string
-                                  (caar alist))
-                                 group))))
-                      (progn
-                        (push (caar alist) expired)
-                        (setcdr prev (setq alist (cdr alist))))
-                    (setq prev alist
-                          alist (cdr alist))))
-                (setq gnus-agent-article-alist (cdr first))
-                (gnus-agent-save-alist group)
-                ;; Mark all articles up to the first article
-                ;; in `gnus-agent-article-alist' as read.
-                (when (and info (caar gnus-agent-article-alist))
-                  (setcar (nthcdr 2 info)
-                          (gnus-range-add
-                           (nth 2 info)
-                           (cons 1 (- (caar gnus-agent-article-alist) 1)))))
-                ;; Maybe everything has been expired from
-                ;; `gnus-agent-article-alist' and so the above marking as
-                ;; read could not be conducted, or there are
-                ;; expired article within the range of the alist.
-                (when (and info
-                           expired
-                           (or (not (caar gnus-agent-article-alist))
-                               (> (car expired)
-                                  (caar gnus-agent-article-alist))))
-                  (setcar (nthcdr 2 info)
-                          (gnus-add-to-range
-                           (nth 2 info)
-                           (nreverse expired))))
-                (gnus-dribble-enter
-                 (concat "(gnus-group-set-info '"
-                         (gnus-prin1-to-string info)
-                         ")")))
-              (when lowest
-                (if (gnus-gethash group orig)
-                    (setcar (gnus-gethash group orig) lowest)
-                  (gnus-sethash group (cons lowest highest) orig))))
-            expiry-hashtb)
-           (set-buffer history)
-           (setq histories (nreverse (sort histories '<)))
-           (while histories
-             (goto-char (pop histories))
-             (gnus-delete-line))
-           (gnus-agent-save-history)
-           (gnus-agent-close-history)
-           (gnus-write-active-file
-            (gnus-agent-lib-file "active") orig))
-         (gnus-message 4 "Expiry...done"))))))
+
+  (if (or (not (eq articles t))
+          (yes-or-no-p (concat "Are you sure that you want to expire all articles in " (if group group "every agentized group") ".")))
+      (let ((methods (if group
+                         (list (gnus-find-method-for-group group))
+                       gnus-agent-covered-methods))
+            (day (if (numberp gnus-agent-expire-days)
+                     (- (time-to-days (current-time)) gnus-agent-expire-days)
+                   nil))
+            gnus-command-method sym arts pos
+            history overview file histories elem art nov-file low info
+            unreads marked article orig lowest highest found days)
+        (save-excursion
+          (setq overview (gnus-get-buffer-create " *expire overview*"))
+         (unwind-protect
+             (while (setq gnus-command-method (pop methods))
+               (when (file-exists-p (gnus-agent-lib-file "active"))
+                 (with-temp-buffer
+                   (nnheader-insert-file-contents (gnus-agent-lib-file "active"))
+                   (gnus-active-to-gnus-format
+                    gnus-command-method
+                    (setq orig (gnus-make-hashtable
+                                (count-lines (point-min) (point-max))))))
+                 (dolist (expiring-group (gnus-groups-from-server gnus-command-method))
+                   (if (or (not group)
+                           (equal group expiring-group))
+                       (let* ((dir (concat
+                                    (gnus-agent-directory)
+                                    (gnus-agent-group-path expiring-group) "/"))
+                              (active
+                               (gnus-gethash-safe expiring-group orig)))
+                         (when active
+                           (gnus-agent-load-alist expiring-group)
+                           (gnus-message 5 "Expiring articles in %s" expiring-group)
+                           (let* ((info (gnus-get-info expiring-group))
+                                  (alist gnus-agent-article-alist)
+                                  (specials (if alist
+                                                (list (caar (last alist)))))
+                                  (unreads ;; Articles that are excluded from the expiration process
+                                   (cond (gnus-agent-expire-all
+                                          ;; All articles are marked read by global decree
+                                          nil)
+                                         ((eq articles t)
+                                          ;; All articles are marked read by function parameter
+                                          nil)
+                                         ((not articles)
+                                          ;; Unread articles are marked protected from expiration
+                                          ;; Don't call gnus-list-of-unread-articles as it returns articles that have not been fetched into the agent.
+                                          (ignore-errors (gnus-agent-unread-articles expiring-group)))
+                                         (t
+                                          ;; All articles EXCEPT those named by the caller are protected from expiration
+                                          (gnus-sorted-difference (gnus-uncompress-range (cons (caar alist) (caar (last alist)))) (sort articles '<)))))
+                                  (marked ;; More articles that are exluded from the expiration process
+                                   (cond (gnus-agent-expire-all
+                                          ;; All articles are unmarked by global decree
+                                          nil)
+                                         ((eq articles t)
+                                          ;; All articles are unmarked by function parameter
+                                          nil)
+                                         (articles
+                                          ;; All articles may as well be unmarked as the unreads list already names the articles we are going to keep
+                                          nil)
+                                         (t
+                                          ;; Ticked and/or dormant articles are excluded from expiration
+                                          (nconc
+                                           (gnus-uncompress-range
+                                            (cdr (assq 'tick (gnus-info-marks info))))
+                                           (gnus-uncompress-range
+                                            (cdr (assq 'dormant
+                                                       (gnus-info-marks info))))))))
+                                  (nov-file (concat dir ".overview"))
+                                  (cnt 0)
+                                  (completed -1)
+                                  dlist
+                                  type)
+
+                             ;; The normal article alist contains elements that look like (article# . fetch_date)
+                             ;; I need to combine other information with this list.  For example, a flag indicating that a particular article MUST BE KEPT.
+                             ;; To do this, I'm going to transform the elements to look like (article# fetch_date keep_flag NOV_entry_marker)
+                             ;; Later, I'll reverse the process to generate the expired article alist.
+
+                             ;; Convert the alist elements to (article# fetch_date nil nil).
+                             (setq dlist (mapcar (lambda (e) (list (car e) (cdr e) nil nil)) alist))
+
+                             ;; Convert the keep lists to elements that look like (article# nil keep_flag nil) then append it to the expanded dlist
+                             ;; These statements are sorted by ascending precidence of the keep_flag.
+                             (setq dlist (nconc dlist
+                                                (mapcar (lambda (e) (list e nil 'unread  nil)) unreads)))
+                             (setq dlist (nconc dlist
+                                                (mapcar (lambda (e) (list e nil 'marked  nil)) marked)))
+                             (setq dlist (nconc dlist
+                                                (mapcar (lambda (e) (list e nil 'special nil)) specials)))
+
+                             (set-buffer overview)
+                             (erase-buffer)
+                             (when (file-exists-p nov-file)
+                               (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Loading overview...")
+                               (nnheader-insert-file-contents nov-file)
+                               (goto-char (point-min))
+                         
+                               (let (p)
+                                 (while (< (setq p (point)) (point-max))
+                                   (condition-case nil
+                                       ;; If I successfully read an integer (the plus zero ensures a numeric type), prepend a marker entry to the list
+                                       (push (list (+ 0 (read (current-buffer))) nil nil (set-marker (make-marker) p)) dlist)
+                                     (error
+                                      (gnus-message 1 "gnus-agent-expire: read error occurred when reading expression at %s in %s.  Skipping to next line." (point) nov-file)))
+                                   ;; Whether I succeeded, or failed, it doesn't matter.  Move to the next line then try again.
+                                   (forward-line 1)))
+                               (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Loading overview... Done"))
+                             (set-buffer-modified-p nil)
+
+                             ;; At this point, all of the information is in dlist.  The only problem is that much of it is spread across multiple entries.  Sort then MERGE!!
+                             (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Sorting entries... ")
+                             (let ((special 0) ; If two entries have the same article-number then sort by ascending keep_flag.
+                                   (marked 1)
+                                   (unread 2))
+                               (setq dlist
+                                     (sort dlist
+                                           (lambda (a b)
+                                             (cond ((< (nth 0 a) (nth 0 b))
+                                                    t)
+                                                   ((> (nth 0 a) (nth 0 b))
+                                                    nil)
+                                                   (t
+                                                    (let ((a (or (symbol-value (nth 2 a)) 3))
+                                                          (b (or (symbol-value (nth 2 b)) 3)))
+                                                      (<= a b))))))))
+                             (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Sorting entries... Done")
+                             (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Merging entries... ")
+                             (let ((dlist dlist))
+                               (while (cdr dlist) ; I'm not at the end-of-list
+                                 (if (eq (caar dlist) (caadr dlist))
+                                     (let ((first (cdr (car dlist)))
+                                           (secnd (cdr (cadr dlist))))
+                                       (setcar first (or (car first) (car secnd))) ; fetch_date
+                                       (setq first (cdr first)
+                                             secnd (cdr secnd))
+                                       (setcar first (or (car first) (car secnd))) ; Keep_flag
+                                       (setq first (cdr first)
+                                             secnd (cdr secnd))
+                                       (setcar first (or (car first) (car secnd))) ; NOV_entry_marker
+
+                                       (setcdr dlist (cddr dlist)))
+                                   (setq dlist (cdr dlist)))))
+                             (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Merging entries... Done")
+
+                             (let* ((len (float (length dlist)))
+                                    (alist (list nil))
+                                    (tail-alist alist))
+                               (while dlist
+                                 (let ((new-completed (* 100.0 (/ (setq cnt (1+ cnt)) len))))
+                                   (when (> new-completed completed)
+                                     (setq completed new-completed)
+                                     (gnus-message 9 "%3d%% completed..."  completed)))
+                                 (let* ((entry (car dlist))
+                                        (article-number (nth 0 entry))
+                                        (fetch-date (nth 1 entry))
+                                        (keep (nth 2 entry))
+                                        (marker (nth 3 entry)))
+
+                                   (cond
+                                    ;; Kept articles are unread, marked, or special.
+                                    (keep
+                                     (when fetch-date
+                                       (unless (file-exists-p (concat dir (number-to-string article-number)))
+                                         (setf (nth 1 entry) nil)
+                                         (gnus-message 3 "gnus-agent-expire cleared download flag on article %d as the cached article file is missing." (caar dlist)))
+                                       (unless marker
+                                         (gnus-message 1 "gnus-agent-expire detected a missing NOV entry.  Run gnus-agent-regenerate-group to restore it.")))
+                                     (gnus-agent-append-to-list tail-alist (cons article-number fetch-date)))
+
+                                    ;; The following articles are READ, UNMARKED, and ORDINARY.
+                                    ;; See if they can be EXPIRED!!!
+                                    ((setq type
+                                           (cond
+                                            ((not (integerp fetch-date))
+                                             'read) ;; never fetched article (may expire right now)
+                                            ((not (file-exists-p (concat dir (number-to-string article-number))))
+                                             (setf (nth 1 entry) nil)
+                                             'externally-expired) ;; Can't find the cached article.  Handle case as though this article was never fetched.
+
+                                            ;; We now have the arrival day, so we see
+                                            ;; whether it's old enough to be expired.
+                                            ((< fetch-date
+                                                (if (numberp day)
+                                                    day
+                                                  (let (found
+                                                        (days gnus-agent-expire-days))
+                                                    (while (and (not found)
+                                                                days)
+                                                      (when (eq 0 (string-match (caar days) expiring-group))
+                                                        (setq found (cadar days)))
+                                                      (pop days))
+                                                    found)))
+                                             'expired)
+                                            (force
+                                             'forced)))
+                                          
+                                     ;; I found some reason to expire this entry.
+
+                                     (let ((actions nil))
+                                       (when (memq type '(forced expired))
+                                         (ignore-errors ; Just being paranoid.
+                                           (delete-file (concat dir (number-to-string article-number)))
+                                           (push "expired cached article" actions))
+                                         (setf (nth 1 entry) nil)
+                                         )
+
+                                       (when marker
+                                         (push "NOV entry removed" article)
+                                         (goto-char marker)
+                                         (gnus-delete-line))
+
+                                       ;; If considering all articles is set, I can only expire article IDs that are no longer in the active range.
+                                       (if (and gnus-agent-consider-all-articles
+                                                (>= article-number (car active)))
+                                           ;; I have to keep this ID in the alist
+                                           (gnus-agent-append-to-list tail-alist (cons article-number fetch-date))
+                                         (push (format "Removed %s article number from article alist" type) actions))
+
+                                       (gnus-message 7 "gnus-agent-expire: Article %d: %s" article-number (mapconcat 'identity actions ", "))))
+                                    )
+
+                                   ;; Clean up markers as I want to recycle this buffer over several groups.
+                                   (when marker
+                                     (set-marker marker nil))
+
+                                   (setq dlist (cdr dlist))))
+
+                               (setq alist (cdr alist))
+
+                               (let ((inhibit-quit t))
+                                 (unless (equal alist gnus-agent-article-alist)
+                                   (setq gnus-agent-article-alist alist)
+                                   (gnus-agent-save-alist expiring-group))
+
+                                 (when (buffer-modified-p)
+                                   (let ((coding-system-for-write
+                                          gnus-agent-file-coding-system))
+                                     (gnus-make-directory dir)
+                                     (write-region (point-min) (point-max) nov-file nil 'silent)
+                                     ;; clear the modified flag as that I'm not confused by its status on the next pass through this routine.
+                                     (set-buffer-modified-p nil)))
+
+                                 (when (eq articles t)
+                                   (gnus-summary-update-info)))))))))))
+           (kill-buffer overview)))))
+  (gnus-message 4 "Expiry...done"))
 
 ;;;###autoload
 (defun gnus-agent-batch ()
+  "Start Gnus, send queue and fetch session."
   (interactive)
   (let ((init-file-user "")
        (gnus-always-read-dribble-file t))
@@ -1883,6 +2209,57 @@ and GROUP without FORCE is not supported."
     (gnus-group-send-queue)
     (gnus-agent-fetch-session)))
 
+(defun gnus-agent-unread-articles (group)
+  (let* ((read (gnus-info-read (gnus-get-info group)))
+        (known (gnus-agent-load-alist group))
+        (unread (list nil))
+        (tail-unread unread))
+    (while (and known read)
+      (let ((candidate (car (pop known))))
+       (while (let* ((range (car read))
+                     (min   (if (numberp range) range (car range)))
+                     (max   (if (numberp range) range (cdr range))))
+                (cond ((or (not min)
+                           (< candidate min))
+                       (gnus-agent-append-to-list tail-unread candidate)
+                       nil)
+                      ((> candidate max)
+                       (pop read)))))))
+    (while known
+      (gnus-agent-append-to-list tail-unread (car (pop known))))
+    (cdr unread)))
+
+(defun gnus-agent-uncached-articles (articles group &optional cached-header)
+  "Constructs sublist of ARTICLES that excludes those articles ids in GROUP that have already been fetched.
+ If CACHED-HEADER is nil, articles are only excluded if the article itself has been fetched."
+
+;; Logically equivalent to: (gnus-sorted-difference articles (mapcar 'car gnus-agent-article-alist))
+;; Functionally, I don't need to construct a temp list using mapcar.
+
+  (if (gnus-agent-load-alist group)
+    (let* ((ref gnus-agent-article-alist)
+           (arts articles)
+           (uncached (list nil))
+           (tail-uncached uncached))
+      (while (and ref arts)
+        (let ((v1 (car arts))
+              (v2 (caar ref)))
+          (cond ((< v1 v2) ; the article (v1) does not appear in the reference list
+                (gnus-agent-append-to-list tail-uncached v1)
+                 (pop arts))
+                ((= v1 v2)
+                 (unless (or cached-header (cdar ref)) ; the article (v1) is already cached
+                  (gnus-agent-append-to-list tail-uncached v1))
+                 (pop arts)
+                 (pop ref))
+                (t ; the reference article (v2) preceeds the list being filtered
+                 (pop ref)))))
+      (while arts
+       (gnus-agent-append-to-list tail-uncached (pop arts)))
+      (cdr uncached))
+    ;; if gnus-agent-load-alist fails, no articles are cached.
+    articles))
+
 (defun gnus-agent-retrieve-headers (articles group &optional fetch-old)
   (save-excursion
     (gnus-agent-create-buffer)
@@ -1891,50 +2268,99 @@ and GROUP without FORCE is not supported."
          cached-articles uncached-articles)
       (gnus-make-directory (nnheader-translate-file-chars
                            (file-name-directory file) t))
+
+      ;; Populate temp buffer with known headers
       (when (file-exists-p file)
        (with-current-buffer gnus-agent-overview-buffer
          (erase-buffer)
          (let ((nnheader-file-coding-system
                 gnus-agent-file-coding-system))
-           (nnheader-insert-nov-file file (car articles)))
-         (nnheader-find-nov-line (car articles))
-         (while (not (eobp))
-           (when (looking-at "[0-9]")
-             (push (read (current-buffer)) cached-articles))
-           (forward-line 1))
-         (setq cached-articles (nreverse cached-articles))))
-      (if (setq uncached-articles
-               (gnus-sorted-difference articles cached-articles))
+           (nnheader-insert-nov-file file (car articles)))))
+
+      (if (setq uncached-articles (gnus-agent-uncached-articles articles group t))
          (progn
+            ;; Populate nntp-server-buffer with uncached headers
            (set-buffer nntp-server-buffer)
            (erase-buffer)
-           (let (gnus-agent-cache)
-             (unless (eq 'nov
-                         (gnus-retrieve-headers
-                          uncached-articles group fetch-old))
-               (nnvirtual-convert-headers)))
+           (let (gnus-agent-cache)     ; Turn off agent cache
+             (cond ((not (eq 'nov (gnus-retrieve-headers
+                                    uncached-articles group fetch-old)))
+                     (nnvirtual-convert-headers))
+                    ((eq 'nntp (car gnus-current-select-method))
+                     ;; The author of gnus-get-newsgroup-headers-xover reports that the XOVER command
+                     ;; is commonly unreliable. The problem is that recently posted articles may not 
+                     ;; be entered into the NOV database in time to respond to my XOVER query.
+                     ;;
+                     ;; I'm going to use his assumption that the NOV database is updated in order 
+                     ;; of ascending article ID.  Therefore, a response containing article ID N 
+                     ;; implies that all articles from 1 to N-1 are up-to-date.  Therefore, 
+                     ;; missing articles in that range have expired.
+                     
+                     (set-buffer nntp-server-buffer)
+                     (let* ((fetched-articles (list nil))
+                           (tail-fetched-articles fetched-articles)
+                            (min (cond ((numberp fetch-old)
+                                        (max 1 (- (car articles) fetch-old)))
+                                       (fetch-old
+                                        1)
+                                       (t
+                                        (car articles))))
+                            (max (car (last articles))))
+                       
+                       ;; Get the list of articles that were fetched
+                       (goto-char (point-min))
+                       (ignore-errors 
+                         (while t
+                          (gnus-agent-append-to-list tail-fetched-articles (read (current-buffer)))
+                           (forward-line 1)))
+                       
+                       ;; Clip this list to the headers that will actually be returned
+                       (setq fetched-articles (gnus-list-range-intersection
+                                               (cdr fetched-articles)
+                                               (cons min max)))
+
+                       ;; Clip the uncached articles list to exclude IDs after the last FETCHED header.  
+                       ;; The excluded IDs may be fetchable using HEAD.
+                      (if (car tail-fetched-articles)
+                           (setq uncached-articles (gnus-list-range-intersection 
+                                                    uncached-articles 
+                                                   (cons (car uncached-articles) (car tail-fetched-articles)))))
+
+                       ;; Create the list of articles that were "successfully" fetched.  Success, in
+                       ;; this case, means that the ID should not be fetched again.  In the case of 
+                       ;; an expired article, the header will not be fetched.
+                       (setq uncached-articles (gnus-sorted-nunion fetched-articles uncached-articles))
+                       ))))
+
+            ;; Erase the temp buffer
            (set-buffer gnus-agent-overview-buffer)
            (erase-buffer)
+
+            ;; Copy the nntp-server-buffer to the temp buffer
            (set-buffer nntp-server-buffer)
            (copy-to-buffer gnus-agent-overview-buffer (point-min) (point-max))
+
+            ;; Merge the temp buffer with the known headers (found on disk in FILE) into the nntp-server-buffer
            (when (and uncached-articles (file-exists-p file))
              (gnus-agent-braid-nov group uncached-articles file))
+
+            ;; Save the new set of known headers to FILE
            (set-buffer nntp-server-buffer)
            (let ((coding-system-for-write
                   gnus-agent-file-coding-system))
+             (gnus-agent-check-overview-buffer)
              (write-region (point-min) (point-max) file nil 'silent))
+            
+            ;; Update the group's article alist to include the newly fetched articles.
            (gnus-agent-load-alist group)
            (gnus-agent-save-alist group uncached-articles nil)
-           (gnus-agent-open-history)
-           (setq gnus-agent-current-history (gnus-agent-history-buffer))
-           (gnus-agent-enter-history
-            "last-header-fetched-for-session"
-            (list (cons group (nth (- (length  articles) 1) articles)))
-            (time-to-days (current-time)))
-           (gnus-agent-save-history))
-       (set-buffer nntp-server-buffer)
+            )
+        
+        ;; Copy the temp buffer to the nntp-server-buffer
+        (set-buffer nntp-server-buffer)
        (erase-buffer)
        (insert-buffer-substring gnus-agent-overview-buffer)))
+
     (if (and fetch-old
             (not (numberp fetch-old)))
        t                               ; Don't remove anything.
@@ -1943,6 +2369,7 @@ and GROUP without FORCE is not supported."
         (car articles))
        (car (last articles)))
       t)
+
     'nov))
 
 (defun gnus-agent-request-article (article group)
@@ -1961,203 +2388,214 @@ and GROUP without FORCE is not supported."
        (insert-file-contents file))
       t)))
 
-(defun gnus-agent-regenerate-group (group &optional clean)
-  "Regenerate GROUP."
-  (let ((dir (concat (gnus-agent-directory)
-                    (gnus-agent-group-path group) "/"))
-       (file (gnus-agent-article-name ".overview" group))
-       n point arts alist header new-alist changed)
-    (when (file-exists-p dir)
-      (setq arts
-           (sort (mapcar (lambda (name) (string-to-int name))
-                         (directory-files dir nil "^[0-9]+$" t))
-                 '<)))
-    (gnus-make-directory (nnheader-translate-file-chars
-                         (file-name-directory file) t))
-    (mm-with-unibyte-buffer
-      (if (file-exists-p file)
-         (let ((nnheader-file-coding-system
-                gnus-agent-file-coding-system))
-           (nnheader-insert-file-contents file)))
-      (goto-char (point-min))
-      (while (not (eobp))
-       (while (not (or (eobp) (looking-at "[0-9]")))
-         (setq point (point))
-         (forward-line 1)
-         (delete-region point (point)))
-       (unless (eobp)
-         (setq n (read (current-buffer)))
-         (when (and arts (> n (car arts)))
-           (beginning-of-line)
-           (while (and arts (> n (car arts)))
-             (message "Regenerating NOV %s %d..." group (car arts))
-             (mm-with-unibyte-buffer
-               (nnheader-insert-file-contents
-                (concat dir (number-to-string (car arts))))
-               (goto-char (point-min))
-               (if (search-forward "\n\n" nil t)
-                   (delete-region (point) (point-max))
-                 (goto-char (point-max)))
-               (setq header (nnheader-parse-head t)))
-             (mail-header-set-number header (car arts))
-             (nnheader-insert-nov header)
-             (setq changed t)
-             (push (cons (car arts) t) alist)
-             (pop arts)))
-         (if (and arts (= n (car arts)))
-             (progn
-               (push (cons n t) alist)
-               (pop arts))
-           (push (cons n nil) alist))
-         (forward-line 1)))
-      (if changed
-         (let ((coding-system-for-write gnus-agent-file-coding-system))
-           (write-region (point-min) (point-max) file nil 'silent))))
-    (setq gnus-agent-article-alist nil)
-    (unless clean
-      (gnus-agent-load-alist group))
-    (setq alist (sort alist 'car-less-than-car))
-    (setq gnus-agent-article-alist (sort gnus-agent-article-alist
-                                        'car-less-than-car))
-    (while (and alist gnus-agent-article-alist)
-      (cond
-       ((< (caar alist) (caar gnus-agent-article-alist))
-       (push (pop alist) new-alist))
-       ((> (caar alist) (caar gnus-agent-article-alist))
-       (push (list (car (pop gnus-agent-article-alist))) new-alist))
-       (t
-       (pop gnus-agent-article-alist)
-       (while (and gnus-agent-article-alist
-                   (= (caar alist) (caar gnus-agent-article-alist)))
-         (pop gnus-agent-article-alist))
-       (push (pop alist) new-alist))))
-    (while alist
-      (push (pop alist) new-alist))
-    (while gnus-agent-article-alist
-      (push (list (car (pop gnus-agent-article-alist))) new-alist))
-    (setq gnus-agent-article-alist (nreverse new-alist))
-    (gnus-agent-save-alist group)))
-
-(defun gnus-agent-regenerate-history (group article)
-  (let ((file (concat (gnus-agent-directory)
-                     (gnus-agent-group-path group) "/"
-                     (number-to-string article))) id)
+(defun gnus-agent-regenerate-group (group &optional reread)
+  "Regenerate GROUP.  If REREAD is t, all articles in the .overview are marked as unread.  If REREAD is not nil, downloaded articles are marked as unread."
+  (gnus-message 5 "Regenerating in %s" group)
+  (let* ((gnus-command-method (or gnus-command-method
+                                  (gnus-find-method-for-group group)))
+         (file (gnus-agent-article-name ".overview" group))
+         (dir (file-name-directory file))
+         point
+        (downloaded (if (file-exists-p dir)
+                        (sort (mapcar (lambda (name) (string-to-int name))
+                                      (directory-files dir nil "^[0-9]+$" t))
+                              '>)
+                      (progn (gnus-make-directory dir) nil)))
+         dl nov-arts
+         alist header
+         regenerated)
+
     (mm-with-unibyte-buffer
-      (nnheader-insert-file-contents file)
-      (message-narrow-to-head)
-      (goto-char (point-min))
-      (if (not (re-search-forward "^Message-ID: *<\\([^>\n]+\\)>" nil t))
-         (setq id "No-Message-ID-in-article")
-       (setq id (buffer-substring (match-beginning 1) (match-end 1))))
-      (gnus-agent-enter-history
-       id (list (cons group article))
-       (time-to-days (nth 5 (file-attributes file)))))))
+     (if (file-exists-p file)
+         (let ((nnheader-file-coding-system
+                gnus-agent-file-coding-system))
+           (nnheader-insert-file-contents file)))
+     (set-buffer-modified-p nil)
+
+     ;; Load the article IDs found in the overview file.  As a side-effect, validate the file contents.
+     (let ((load t))
+       (while load
+         (setq load nil)
+         (goto-char (point-min))
+         (while (< (point) (point-max))
+          (cond ((looking-at "[0-9]+\t")
+                  (push (read (current-buffer)) nov-arts)
+                  (forward-line 1)
+                  (let ((l1 (car nov-arts))
+                        (l2 (cadr nov-arts)))
+                    (cond ((not l2)
+                           nil)
+                          ((< l1 l2)
+                          (gnus-message 3 "gnus-agent-regenerate-group: NOV entries are NOT in ascending order.")
+                           ;; Don't sort now as I haven't verified that every line begins with a number
+                           (setq load t))
+                          ((= l1 l2)
+                           (forward-line -1)
+                          (gnus-message 4 "gnus-agent-regenerate-group: NOV entries contained duplicate of article %s.  Duplicate deleted." l1)
+                           (gnus-delete-line)
+                           (pop nov-arts)))))
+                 (t
+                 (gnus-message 1 "gnus-agent-regenerate-group: NOV entries contained line that did not begin with an article number.  Deleted line.")
+                  (gnus-delete-line))))
+         (if load
+            (progn
+              (gnus-message 5 "gnus-agent-regenerate-group: Sorting NOV entries into ascending order.")
+              (sort-numeric-fields 1 (point-min) (point-max))
+                    (setq nov-arts nil)))))
+     (gnus-agent-check-overview-buffer)
+
+     ;; Construct a new article alist whose nodes match every header in the .overview file.  
+     ;; As a side-effect, missing headers are reconstructed from the downloaded article file.
+     (while (or downloaded nov-arts)
+       (cond ((and downloaded 
+                   (or (not nov-arts)
+                       (> (car downloaded) (car nov-arts))))
+              ;; This entry is missing from the overview file
+             (gnus-message 3 "Regenerating NOV %s %d..." group (car downloaded))
+              (let ((file (concat dir (number-to-string (car downloaded)))))
+                (mm-with-unibyte-buffer
+                 (nnheader-insert-file-contents file)
+                 (nnheader-remove-body)
+                 (setq header (nnheader-parse-naked-head)))
+                (mail-header-set-number header (car downloaded))
+                (if nov-arts
+                    (let ((key (concat "^" (int-to-string (car nov-arts)) "\t")))
+                      (or (re-search-backward key nil t)
+                          (re-search-forward key))
+                      (forward-line 1))
+                  (goto-char (point-min)))
+                (nnheader-insert-nov header))
+              (setq nov-arts (cons (car downloaded) nov-arts)))
+             ((eq (car downloaded) (car nov-arts))
+              ;; This entry in the overview has been downloaded
+              (push (cons (car downloaded) (time-to-days (nth 5 (file-attributes (concat dir (number-to-string (car downloaded))))))) alist)
+              (pop downloaded)
+              (pop nov-arts))
+             (t
+              ;; This entry in the overview has not been downloaded
+              (push (cons (car nov-arts) nil) alist)
+              (pop nov-arts))))
+
+     ;; When gnus-agent-consider-all-articles is set, gnus-agent-regenerate-group should NOT remove article IDs 
+     ;; from the alist.  Those IDs serve as markers to indicate that an attempt has been made to fetch that 
+     ;; article's header.
+
+     ;; When gnus-agent-consider-all-articles is NOT set, gnus-agent-regenerate-group can remove the article
+     ;; ID of every article (with the exception of the last ID in the list - it's special) that no longer appears in the overview.
+     ;; In this situtation, the last article ID in the list implies that it, and every article ID preceeding it, 
+     ;; have been fetched from the server.
+     (if gnus-agent-consider-all-articles
+         ;; Restore all article IDs that were not found in the overview file.
+         (let* ((n (cons nil alist))
+                (merged n)
+                (o (gnus-agent-load-alist group)))
+           (while o
+             (let ((nID (caadr n))
+                   (oID (caar o)))
+               (cond ((not nID)
+                      (setq n (setcdr n (list (list oID))))
+                      (pop o))
+                     ((< oID nID)
+                      (setcdr n (cons (list oID) (cdr n)))
+                      (pop o))
+                     ((= oID nID)
+                      (pop o)
+                      (pop n))
+                     (t
+                      (pop n)))))
+           (setq alist (cdr merged)))
+       ;; Restore the last article ID if it is not already in the new alist
+       (let ((n (last alist))
+             (o (last (gnus-agent-load-alist group))))
+         (cond ((not n)
+                (when o
+                  (push (cons (caar o) nil) alist)))
+               ((< (caar n) (caar o))
+                (setcdr n (list (car o)))))))
+                     
+     (let ((inhibit-quit t))
+     (if (setq regenerated (buffer-modified-p))
+         (let ((coding-system-for-write gnus-agent-file-coding-system))
+           (write-region (point-min) (point-max) file nil 'silent)))
+
+    (setq regenerated (or regenerated
+                          (and reread gnus-agent-article-alist)
+                          (not (equal alist gnus-agent-article-alist)))
+          )
+
+    (setq gnus-agent-article-alist alist)
+    (when regenerated
+        (gnus-agent-save-alist group)))
+     )
+
+    (when (and reread gnus-agent-article-alist)
+      (gnus-make-ascending-articles-unread
+       group
+       (delq nil (mapcar (function (lambda (c)
+                                     (cond ((eq reread t)
+                                            (car c))
+                                           ((cdr c)
+                                            (car c)))))
+                         gnus-agent-article-alist)))
+
+      (when (gnus-buffer-live-p gnus-group-buffer)
+        (gnus-group-update-group group t)
+        (sit-for 0))
+      )
+
+    regenerated))
 
 ;;;###autoload
-(defun gnus-agent-regenerate (&optional clean)
+(defun gnus-agent-regenerate (&optional clean reread)
   "Regenerate all agent covered files.
-If CLEAN, don't read existing active and agentview files."
+If CLEAN, don't read existing active files."
   (interactive "P")
-  (message "Regenerating Gnus agent files...")
-  (dolist (gnus-command-method gnus-agent-covered-methods)
-    (let ((active-file (gnus-agent-lib-file "active"))
-         history-hashtb active-hashtb active-changed
-         history-changed point)
-      (gnus-make-directory (file-name-directory active-file))
-      (if clean
-         (setq active-hashtb (gnus-make-hashtable 1000))
-       (mm-with-unibyte-buffer
-         (if (file-exists-p active-file)
-             (let ((nnheader-file-coding-system
-                    gnus-agent-file-coding-system))
-               (nnheader-insert-file-contents active-file))
-           (setq active-changed t))
-         (gnus-active-to-gnus-format
-          nil (setq active-hashtb
-                    (gnus-make-hashtable
-                     (count-lines (point-min) (point-max)))))))
-      (gnus-agent-open-history)
-      (setq history-hashtb (gnus-make-hashtable 1000))
-      (with-current-buffer
-         (setq gnus-agent-current-history (gnus-agent-history-buffer))
-       (goto-char (point-min))
-       (forward-line 1)
-       (while (not (eobp))
-         (if (looking-at
-              "\\([^\t\n]+\\)\t[0-9]+\t\\([^ \n]+\\) \\([0-9]+\\)")
-             (progn
-               (unless (string= (match-string 1)
-                                "last-header-fetched-for-session")
-                 (gnus-sethash (match-string 2)
-                               (cons (string-to-number (match-string 3))
-                                     (gnus-gethash-safe (match-string 2)
-                                                        history-hashtb))
-                               history-hashtb))
-               (forward-line 1))
-           (setq point (point))
-           (forward-line 1)
-           (delete-region point (point))
-           (setq history-changed t))))
-      (dolist (group (gnus-groups-from-server gnus-command-method))
-       (gnus-agent-regenerate-group group clean)
-       (let ((min (or (caar gnus-agent-article-alist) 1))
-             (max (or (caar (last gnus-agent-article-alist)) 0))
-             (active (gnus-gethash-safe (gnus-group-real-name group)
-                                        active-hashtb)))
-         (if (not active)
-             (progn
-               (setq active (cons min max)
-                     active-changed t)
-               (gnus-sethash group active active-hashtb))
-           (when (> (car active) min)
-             (setcar active min)
-             (setq active-changed t))
-           (when (< (cdr active) max)
-             (setcdr active max)
-             (setq active-changed t))))
-       (let ((arts (sort (gnus-gethash-safe group history-hashtb) '<))
-             n)
-         (gnus-sethash group arts history-hashtb)
-         (while (and arts gnus-agent-article-alist)
-           (cond
-            ((> (car arts) (caar gnus-agent-article-alist))
-             (when (cdar gnus-agent-article-alist)
-               (gnus-agent-regenerate-history
-                group (caar gnus-agent-article-alist))
-               (setq history-changed t))
-             (setq n (car (pop gnus-agent-article-alist)))
-             (while (and gnus-agent-article-alist
-                         (= n (caar gnus-agent-article-alist)))
-               (pop gnus-agent-article-alist)))
-            ((< (car arts) (caar gnus-agent-article-alist))
-             (setq n (pop arts))
-             (while (and arts (= n (car arts)))
-               (pop arts)))
-            (t
-             (setq n (car (pop gnus-agent-article-alist)))
-             (while (and gnus-agent-article-alist
-                         (= n (caar gnus-agent-article-alist)))
-               (pop gnus-agent-article-alist))
-             (setq n (pop arts))
-             (while (and arts (= n (car arts)))
-               (pop arts)))))
-         (while gnus-agent-article-alist
-           (when (cdar gnus-agent-article-alist)
-             (gnus-agent-regenerate-history
-              group (caar gnus-agent-article-alist))
-             (setq history-changed t))
-           (pop gnus-agent-article-alist))))
-      (when history-changed
-       (message "Regenerate the history file of %s:%s"
-                (car gnus-command-method)
-                (cadr gnus-command-method))
-       (gnus-agent-save-history))
-      (gnus-agent-close-history)
-      (when active-changed
-       (message "Regenerate %s" active-file)
-       (let ((nnmail-active-file-coding-system gnus-agent-file-coding-system))
-         (gnus-write-active-file active-file active-hashtb)))))
-  (message "Regenerating Gnus agent files...done"))
+  (let (regenerated)
+    (gnus-message 4 "Regenerating Gnus agent files...")
+    (dolist (gnus-command-method gnus-agent-covered-methods)
+      (let ((active-file (gnus-agent-lib-file "active"))
+            active-hashtb active-changed
+            point)
+        (gnus-make-directory (file-name-directory active-file))
+        (if clean
+            (setq active-hashtb (gnus-make-hashtable 1000))
+          (mm-with-unibyte-buffer
+           (if (file-exists-p active-file)
+               (let ((nnheader-file-coding-system
+                      gnus-agent-file-coding-system))
+                 (nnheader-insert-file-contents active-file))
+             (setq active-changed t))
+           (gnus-active-to-gnus-format
+            nil (setq active-hashtb
+                      (gnus-make-hashtable
+                       (count-lines (point-min) (point-max)))))))
+        (dolist (group (gnus-groups-from-server gnus-command-method))
+          (setq regenerated (or (gnus-agent-regenerate-group group reread)
+                                regenerated))
+          (let ((min (or (caar gnus-agent-article-alist) 1))
+                (max (or (caar (last gnus-agent-article-alist)) 0))
+                (active (gnus-gethash-safe (gnus-group-real-name group)
+                                           active-hashtb))
+                (read (gnus-info-read (gnus-get-info group))))
+            (if (not active)
+                (progn
+                  (setq active (cons min max)
+                        active-changed t)
+                  (gnus-sethash group active active-hashtb))
+              (when (> (car active) min)
+                (setcar active min)
+                (setq active-changed t))
+              (when (< (cdr active) max)
+                (setcdr active max)
+                (setq active-changed t)))))
+        (when active-changed
+          (setq regenerated t)
+          (gnus-message 4 "Regenerate %s" active-file)
+          (let ((nnmail-active-file-coding-system gnus-agent-file-coding-system))
+            (gnus-write-active-file active-file active-hashtb)))))
+    (gnus-message 4 "Regenerating Gnus agent files...done")
+    regenerated))
 
 (defun gnus-agent-go-online (&optional force)
   "Switch servers into online status."
@@ -2184,6 +2622,10 @@ If CLEAN, don't read existing active and agentview files."
             (if (eq status 'offline) 'offline 'online)
             (if (eq status 'offline) 'online 'offline))))
 
+(defun gnus-agent-group-covered-p (group)
+  (member (gnus-group-method group)
+         gnus-agent-covered-methods))
+
 (provide 'gnus-agent)
 
 ;;; gnus-agent.el ends here